Trong những ngày theo học quốc sư, công chúa Long Thành đã đem lòng yêu thầy giáo của mình, khiến hai người có kết cục bi thảm.
Theo tài liệu của chùa Đại Giác, buổi ban đầu chùa cất bằng cột gỗ, vách ván và lợp ngói âm dương do nhà sư Thành Đẳng (1686 – 1769) khẩn hoang và dựng lên. Những năm quân Tây Sơn và quân nhà Nguyễn giao tranh, con gái thứ 3 của Nguyễn Ánh là Nguyễn Phúc Ngọc Anh (tức công chúa Bảo Lộc) từng tạm đến lánh nạn tại ngôi chùa này
Năm 1802, Nguyễn Ánh đánh thắng Tây Sơn. Nhớ ơn đức năm xưa nhà chùa có công cưu mang người của hoàng tộc nên vua Gia Long lệnh trùng tu chùa. Quan quân cho binh thợ xây cất, đem đàn voi chiến chở đất đá, cây gỗ đến và cho chân đàn voi ngày đêm giặm nền chùa cho bằng phẳng và chắc chắn nên sau này người dân gọi là chùa Tượng (Voi).
Ngoài ra, vua Gia Long còn dâng cúng một pho tượng Phật A-Di-Đà bằng gỗ mít cao gần 2,5 m thờ trong chánh điện nên dân gian lại gọi chùa bằng cái tên là chùa Phật Lớn. Do chùa Đại Giác nằm phía trước ngôi chùa cổ khác tên chùa Chúc Thọ (do ông Thủ Huồng xây) nên người xưa còn gọi tên chùa là chùa Trước, còn chùa Chúc Thọ là chùa Sau
Tháng 10 năm 1820, vua Minh Mạng lại tiếp tục cho tu sửa chùa Đại Giác. Năm 1952, Biên Hòa xảy ra trận lụt “Nhâm Thìn” lớn, chùa Đại Giác bị ngập nặng hư hại nghiêm trọng. Mãi đến năm 1959, được sự đóng góp của nhân dân trong vùng, trụ trì chùa là Hòa thượng Thích Thiện Hỷ (1921 – 1979), đã cho xây cất lại toàn bộ ngôi chùa bằng tường gạch, cột bê tông cốt thép, xây lầu chuông, lầu trống.
Chùa Đại Giác sau khi trùng tu lớn, mặt tiền hướng nhìn ra sông Đồng Nai, có diện tích rộng khoảng 1.000 m2, cất theo lối chữ tam với ba dãy nhà ngang nối liền nhau. Tuy nhìn bên ngoài, chùa xây lối kiến trúc hiện đại nhưng bên trong vẫn còn theo kiểu mẫu của chùa xưa. Các câu đối, bức hoành phi chữ Hán vẫn còn được gìn giữ cẩn thận suốt trăm năm.
Truyền thuyết mối tình công chúa nhà Nguyễn với một thiền sư
Theo sách Thiền sư Việt Nam (Hòa thượng Thích Thanh Từ, Thành hội Phật giáo TP HCM xuất bản, 1991) viết: Thiền sư Thiệt Thành Liễu Đạt (không rõ năm sinh) có kiến thức Phật học uyên bác, ông được vua Gia Long triệu từ chùa Từ Ân (Gia Định) ra Huế phong quốc sư để giảng kinh cho hoàng tộc. Sau này, vua Minh Mạng mến phục tài đức nên đặt danh hiệu Hòa thượng Liên Hoa.
Trong những ngày theo học đạo, Thái trưởng công chúa Long Thành (tức Nguyễn Phúc Ngọc Tú, là chị vua Gia Long và là cô của vua Minh Mạng) đã công khai tình cảm với quốc sư Liên Hoa.
Năm 1821, nhân cơ hội Hòa thượng Phật Ý Linh Nhạc viên tịch, quốc sư Liên Hoa trở về chùa Từ Ân (Gia Định) chịu tang sư phụ rồi tìm cách ở lại chùa luôn nhằm tránh mặt công chúa Long Thành. Tưởng thoát khỏi nghiệp duyên, nào ngờ vị công chúa cũng tìm đến tận nơi. Thiền sư Thiệt Thành Liễu Đạt lại tìm cách “trốn chạy” nên quyết định âm thầm bí mật đến nhập thất hai năm tại chùa Đại Giác xứ Cù Lao Phố Biên Hòa.
Ở chùa Từ Ân mà vắng mặt thiền sư nên công chúa rất buồn bã, không muốn ăn uống. Thấy sức khỏe của bà ngày một sa sút, nếu có mệnh hệ nào sẽ có bất lợi cho nhà chùa, nên một người trong chùa đành phải tiết lộ nơi ở của quốc sư Liên Hoa. Ngay hôm sau, công chúa Long Thành lập tức lên chùa Đại Giác tìm gặp người mình thầm yêu trộm nhớ.
Theo tư liệu trong cuốn Lịch sử Phật giáo Đàng Trong (Nguyễn Hiền Đức, NXB TP HCM, 1995) ghi lại, Thiền sư Thiệt Thành Liễu Đạt đã đóng kín cửa thất không chịu gặp mặt công chúa, mà chỉ đưa ra một bàn tay cho công chúa nhìn lần cuối vì nghe bà nài nỉ quá. Trong đêm đó, thiền sư tự thiêu để biểu thị tấm thân mình trong sạch, một lòng với Phật pháp không màng dính dáng chuyện luyến ái trần gian, thể hiện qua 4 câu kệ bằng mực đen mà thiền sư viết trên vách tường trước khi viên tịch: “Thiệt đức rèn kinh vẹn kiếp trần/ Thành không vẩn đục vẫn trong ngần/ Liễu tri mộng huyễn chân như huyễn/ Đạt đạo mình vui đạo mấy lần”.
Vài ngày sau, công chúa Long Thành cũng quyên sinh bằng liều độc dược để mong hóa giải và gột rửa duyên nghiệp mà bà đeo mang…
Ngày nay, bài vị quốc sư Liên Hoa và công chúa Long Thành được đặt gần nhau, hương khói quanh năm tại hậu chùa Đại Giác và ở chùa Từ Ân (hiện quận 6, TP HCM) như là để cho người đời sau đúc kết, chiêm nghiệm và phân xử đúng sai về một mối tình ngang trái nơi cửa Phật.