Chùa Giác Lâm là ngôi chùa được thành lập sớm ở đất Gia Định. Khi Thiền sư Viên Quang về trụ trì chùa Giác Lâm từ năm 1774, Thiền sư đã tiến hành nhiều hoạt động Phật sự, trong đó có việc thành lập Phật học xá cho tăng sĩ khắp nơi về tu học. Trung tâm đào tạo này đã đón nhận khá nhiều tu sĩ từ khắp nơi ở Nam Bộ về tu học. Sau khi kết thúc khóa học, nhiều tu sĩ đã trở về và đảm nhiệm cương vị trụ trì nhiều chùa ở Nam Bộ.
Trên bàn thờ tổ của một số chùa ở Nam Bộ hiện nay, còn đặt bài vị thờ tự vị bổn sư của mình, là những Thiền sư đã trụ trì ở chùa Giác Lâm. Có thể kể tên một số chùa ở Nam Bộ như Tây An (An Giang), Bửu Lâm, Vĩnh Tràng (Tiền Giang), Bửu Lâm (Đồng Tháp), Thạnh Hòa, Linh Sơn Rạch Núi (Long An)… Chùa Tây An (An Giang), chùa Linh Nguyên (Long An), chùa Bửu Lâm (Đồng Tháp)… hiện còn bài vị thờ tổ Tiên Giác Hải Tịnh, người đã trụ trì chùa Giác Lâm từ năm 1827 đến 1869.
Bài vị tổ Minh Khiêm Hoằng Ân, người đã trụ trì chùa Giác Lâm từ năm 1873 đến năm 1903, hiện còn thờ tại chùa Thạnh Hòa, Linh Sơn Rạch Núi (Long An), chùa Bửu Lâm (Tiền Giang)… Thiền sư Tiên Giác Hải Tịnh, sau khi từ Huế trở về Nam Bộ, năm 1851 Thiền sư trở lại An Giang tu tạo chùa Phú Thạnh.
Ngoài quan hệ của những người được đào tạo tại chùa, còn có các tu sĩ đi cúng đám, tham gia vào nhóm ứng phú, đi nhiều nơi ở đồng bằng sông Cửu Long, thực hiện những buổi cúng kéo dài một vài ngày… Điều này cũng góp phần đẩy mạnh mối quan hệ giữa các chùa, Phật tử ở đồng bằng sông Cửu Long với chùa Giác Lâm.
Hai Thiền sư ở chùa Giác Lâm là tổ Hải Tịnh được gọi là Tiên Giác tổ sư và tổ Minh Khiêm được gọi là Tổ Núi Sam, cho thấy mối quan hệ gắn bó thân thương giữa các vị Thiền sư chùa Giác Lâm với tu sĩ Phật giáo ở các chùa Nam Bộ.
Thiền sư Hoằng Ân Minh Khiêm một thời gian dài đã về chùa Bửu Lâm ở Tiền Giang, đóng góp ý kiến về mô hình kiến trúc cho việc xây dựng ngôi chùa Vĩnh Tràng, một ngôi chùa có kiến trúc quy mô to lớn ở Nam Bộ vào giữa thế kỷ XIX.
Từ vị thế quan trọng của chùa Giác Lâm trong dòng phát triển của Phật giáo ở Nam Bộ và mối quan hệ chặt chẽ của chùa với các chùa ở đồng bằng sông Cửu Long mà các học giả Vương Kim và Đào Hưng đã nhận định rằng “Chùa Giác Lâm ở Chợ Lớn là một chùa theo phái Lâm Tế và được triều đình chính thức nhìn nhận. Hình như lúc bấy giờ các chùa trong miền Nam đều đặt dưới sự chi phối của chùa này.”
