Do tính chất tùy thuận theo vùng đất, theo phong tục mà phát triển, nên khi du nhập vào Việt Nam, Phật giáo mang tính chất đặc thù. Trong quá trình phát triển, Phật giáo Việt Nam đã tiếp nhận cả hai hệ phái Bắc tông và Nam tông đã có trên thế giới, đồng thời cũng dung hợp hai yếu tố này để tạo ra một hệ phái mới, là hệ phái Khất sĩ.
Về hệ phái Bắc tông có Thiên Thai tông, Chơn Ngôn tông, Thiền tông, Tịnh Độ tông, Mật tông… Những tông phái này chịu ảnh hưởng của Phật giáo từ Trung Quốc nên mỗi tông phái còn chia ra nhiều dòng phái.
Chỉ riêng Thiền tông, vốn tiếp thu từ năm dòng Thiền của Trung Quốc, nên gọi ngũ gia tông phái, nhưng khi sang Việt Nam, chỉ phổ biến hai dòng chính là Lâm Tế và Tào Động. Trong dòng phái Lâm Tế cũng có nhiều phân phái, hoặc chịu ảnh hưởng từ các bài kệ phát phái của các thiền sư Trung Quốc, nhưng cũng có bài kệ do thiền sư Việt Nam xướng xuất. Có thể kể một số phái chính đã tồn tại ở Việt Nam thuộc dòng Lâm Tế:
– Lâm Tế Tổ Đạo với bài kệ Tổ đạo giới định tông… do thiền sư Tổ Định xướng xuất.
– Đạo Bổn Nguyên với bài kệ Đạo Bổn Nguyên thành Phật tổ tiên… do thiền sư Đạo Mẫn xướng xuất.
– Liễu Quán với bài kệ Thiệt tế đại đạo… do thiền sư Thiệt Diệu Liễu Quán xướng xuất.
– Chúc Thánh với bài kệ Minh thiệt pháp toàn chương… do thiền sư Minh Hải Pháp Bảo xướng xuất.
– Trí Huệ với bài kệ Trí huệ thanh tịnh… do thiền sư Trí Thắng Bích Dung xướng xuất.
Thiên Thai tông cũng có Thiên Thai Thiền giáo tông, Thiên Thai Giáo Quán tông…, Tịnh Độ tông có Tịnh Độ tông Việt Nam, Tịnh Độ Cư sĩ Phật học hội…
Về hệ phái Nam tông có hai cộng đồng tộc người ở Nam Bộ là người Việt và người Khmer theo đạo. Trong người Khmer, Phật giáo Nam tông gồm hai phái chính là Mahanikay và Thommayut. Trong người Việt có Phật giáo Nguyên Thủy Việt Nam (Theravada).
Hệ phái Khất sĩ là hệ phái riêng có tại Việt Nam, dung hợp tinh thần của hai hệ phái Bắc tông và Nam tông, do tôn sư Minh Đăng Quang khai sáng vào năm 1943. Hệ phái này cũng chia làm hai tổ chức, một dành cho tăng sĩ và một dành cho ni giới. Trước năm 1975, có Giáo hội Tăng già Khất sĩ Việt Nam và Giáo hội Ni giới Khất sĩ Việt Nam.
Sau năm 1975, cả nước thống nhất, tất cả các hệ phái, tông phái, chi phái Phật giáo đều đứng vào một tổ chức chung nhất là Giáo hội Phật giáo Việt Nam, nhưng mỗi hệ phái, chi phái đều vẫn duy trì bản sắc riêng có, tiếp tục giữ gìn những đặc trưng trong sinh hoạt, trong trang phục, trong nghi lễ của riêng từng hệ phái mình.
