Tại Thành phố Hồ Chí Minh, Thành hội Phật giáo đã và đang có nhiều kế hoạch triển khai cho việc nâng cao trình độ tăng ni sinh. Có các trường lớp: Sơ cấp Phật học, Trường Cơ bản Phật học (nay là Trung cấp Phật học), lớp Cao đẳng Phật học, Trường Cao cấp Phật học (nay là Học viện Phật giáo cơ sở II). Dưới hệ cơ bản là các lớp Sơ cấp Phật học, do Ban Đại diện Phật giáo quận, huyện quản lý điều hành và chịu trách nhiệm trước Ban Trị sự và Ban Giám hiệu Trường Cơ bản và văn bằng do Trường Cơ bản cấp. Các lớp Sơ cấp Phật học tập trung tại quận 1, 3, 4, 8, Tân Bình, Thủ Đức…
Trường Cơ bản Phật học Thành phố Hồ Chí Minh, nay là Trung cấp Phật học, giảng dạy từ năm thứ nhất đến năm thứ năm. Đây là ngôi trường hình thành trước tiên và lớn nhất ở miền Nam. Theo quy chế thì trường chỉ nhận dạy những tăng ni sinh trong Thành phố, nhưng trên thực tế đa số tăng ni các tỉnh cũng về tu học tại Trường. Các môn học chủ yếu là chữ Hán qua các bộ kinh Tứ Thập Nhị Chương, kinh Di giáo, kinh Bát Đại Nhân giác, Tỳ Ni Trường Hàng luật…
Năm 1990, phân hiệu trường được thiết lập tại chùa Thiên Minh ở Thủ Đức. Từ năm 1996, lớp Cao đẳng Phật học hoạt động với các khóa học: Khóa 1: 291 tăng ni sinh, khóa 2: 416 tăng ni sinh. Lớp Cao đẳng và Trung cấp tập trung tại chùa Vĩnh Nghiêm. Đây là những lớp chuyên khoa thuần túy về Đạo học. Trường Cao cấp Phật học, nay là Học viện Phật giáo cơ sở II được thành lập từ năm 1984 do Hòa thượng Thích Minh Châu làm Hiệu trưởng. Học viện Phật giáo cơ sở II tại Thiền viện Vạn Hạnh, đường Nguyễn Kiệm, đã đến khóa VI (2005 – 2009) giảng dạy theo chương trình đại học nâng cao và phong phú hóa để phù hợp với xu hướng phát triển giáo dục Phật giáo Việt Nam hiện đại, có xu hướng dung hòa giữa đạo học và thế học.
