Ở Gia Định, có ba hệ phái Phật giáo, đó là Bắc tông, Nam tông và Khất sĩ. Hệ phái Bắc tông có nhiều tông phái, các dòng sau đây đã có mặt ở Gia Định:
Dòng Tổ Đạo: phái Lâm Tế truyền đến đời thứ 22 là Tổ Định, Thiền sư xuất ra bài kệ hai mươi chữ: Tổ đạo giới định tông. Phương quản chứng viên thông. Hành siêu minh thiệt tế. Liễu đạt ngộ chơn không.
Dòng Đạo Bổn Nguyên: Phái Lâm Tế truyền đến đời thứ 31 là Đạo Mẫn, Thiền sư xuất bài kệ hai mươi tám chữ: Đạo bổn nguyên thành Phật tổ tiên. Minh như hồng nhật lệ trung thiên. Linh nguyên quảng nhuận từ phong phổ. Chiếu thế chơn đăng vạn cổ huyền.
Dòng Liễu Quán: do thiền dư Liễu Quán lập. Thiền sư là đệ tử của Thiền sư Minh Hoằng Tử Dung đời thứ 34 phái Lâm Tế. Bài kệ bốn mươi tám chữ: Thiệt tế đại đạo. Tánh hải thanh trừng. Tâm nguyên quảng nhuận. Đức bổn từ phong. Giới định phước huệ. Thể dụng viên thông. Vĩnh siêu trí quả. Mật khế thành công. Truyền trì diệu lý. Diễn xướng chánh tông. Hạnh giải tương ưng. Đạt ngộ chơn không.
Dòng Chúc Thánh: do Thiền sư Minh Hải Pháp Bảo, người Phúc Kiến xuất bài kệ bốn mươi chữ: Minh thiệt pháp toàn chương. Ấn chơn như thị đồng. Chúc thánh thọc thiên cửu. Kỳ quốc tộ địa trường. Đắc chánh luật vi tiên. Tổ đạo hạnh giải thông. Giác hoa bồ đề thọ. Sung mãn nhơn thiên trung. Dòng Trí Huệ: do Thiền sư Trí Thắng Bích Dung xuất bài kệ bốn mươi tám chữ: Trí huệ thanh tịnh. Đạo đức viên minh. Chơn như tánh hải. Tịch chiếu phổ thông. Tâm nguyên quảng tục. Bổn giác xương long. Năng nhơn thánh quả. Thường diễn khoan hoằng. Duy truyền pháp ấn. Chánh ngộ hội dung. Kiên trì giới hạnh. Vĩnh kế tổ tông.
Các dòng kể trên đều thuộc phái Lâm Tế.
Dòng Thọ Xương cổ sơn phái hay còn gọi Thọ Xương pháp phái thuộc dòng Tào Động. Thiền sư Tuệ Kinh xuất bài kệ bốn mươi chữ: Tuệ nguyên đạo đại hưng. Pháp giới nhất đĩnh tân. Thông thiên kiêm triệt địa. Diệu cổ phục đằng kim. Kim nhật thiền tông chấn. Hoằng khai động thượng truyền. Chánh trung diệu hiệp chỉ. Hư dung độc chiếu viên.
Hệ phái Nam tông gồm hai cộng đồng người Việt và người Khmer. Người Việt theo phái Phật giáo Nguyên thủy, còn gọi Theravada. Người Khmer theo ba phái Mahanikay, Thommayut, Theravada.
Hệ phái Khất sĩ: Thuộc hệ phái này có hai nhóm tăng và ni giới. Tịnh xá Trung Tâm là cơ sở chính của hệ phái ở Thành phố Hồ Chí Minh và cả nước. Tịnh xá Ngọc Phương là cơ sở chính của ni giới Khất sĩ.
