Bài trí tượng thờ trong các chùa thuộc hệ phái Bắc tông và Nam tông có sự khác biệt. Trong chùa thuộc hệ phái Bắc tông, ngoài thờ Phật tại vị trí trung tâm trên chính điện, còn thờ các vị Bồ tát, La Hán, các thần linh, các vị thuộc Khổng giáo và Lão giáo.
Bộ tượng thờ phổ biến tại các chùa ở Bắc, Trung và Nam là bộ Tam Thế Phật. Gồm có ba vị A Di Đà tượng trưng cho các vị Phật thuộc thời quá khứ, Thích Ca Mâu Ni Phật, tượng trưng cho vị Phật của thời hiện tại và Di Lặc Tôn vương Phật, tượng trưng cho các vị Phật thuộc thời vị lai. Ngoài ra, có chùa còn thờ bộ Di Đà tam tôn, gồm A Di Đà, Quán Thế Âm bồ tát và Đại Thế Chí bồ tát, bộ Hoa Nghiêm tam thánh, gồm Thích Ca Mâu Ni Phật, Văn Thù bồ tát và Phổ Hiền bồ tát, bộ tượng 18 vị La Hán, bộ tượng Thập Điện Minh Vương, tượng Địa Tạng Vương bồ tát, một số tượng Quan Thế Âm bồ tát, một số tượng Quan Thế Âm bồ tát với nhiều phong cách khác nhau, thể hiện thành tượng Quan Âm Thiên Thủ Thiên Nhãn, Quan Âm Thị Kính, Chuẩn Đề…
Các pho tượng Phật, bồ tát được thể hiện với nhiều kiểu loại khác nhau, tựu trung với bốn tư thế chính đi, đứng, nằm, ngồi. Tượng Phật Thích Ca cũng được thể hiện với nhiều tư thế khác nhau, tượng trưng cho bốn giai đoạn trong cuộc đời của Người: đản sinh, xuất gia tầm đạo, thuyết pháp và niết bàn.
Các tượng La Hán cũng thể hiện hai phong cách tạc mang dấu ấn của hai luồng văn hóa Ấn Độ và Trung Quốc. Tại Việt Nam, trong chùa chỉ có 16 hoặc 18 vị La Hán, trong khi các chùa ở Trung Quốc tạc đến 500 vị.
Ở Nam Bộ, đặc biệt là tại Thành phố Hồ Chí Minh hiện nay, còn lại một số ngôi chùa xưa, theo hệ phái Bắc tông, như chùa Giác Lâm, Giác Viên, Phụng Sơn… trong kiến trúc chùa còn thể hiện cách bài trì bàn thờ Thập loại cô hồn trước cửa vào chính điện, được đặt trước bình phong, giữa hai cửa vào chính điện. Nét đặc trưng này không có ở các chùa miền Bắc. Theo quan niệm dân gian, những oan hồn uổng tử chết không có người biết đến, không có thân nhân cúng kiến là những thế lực xấu, không được vào khu vực thờ tự trang nghiêm, tinh khiết tại chính điện, nơi Phật ngự. Những linh hồn này dân gian cho rằng di chuyển theo đường thẳng, vì vậy, phải cấu trúc bình phong chặn lại và mở hai cửa vào chính điện ở hai bên. Trước bình phong đặt bàn thờ các thập loại cô hồn. Do đó, bàn thờ này đã trở thành nét đặc trưng của các ngôi chùa tại vùng đất mới, nơi phong thổ có phần khắc nghiệt và địa bàn còn khá mới mẻ với cư dân đi mở đất.
Trong ngôi chùa Nam tông (của người Việt và người Khmer) chỉ thờ duy nhất Phật Thích Ca với nhiều kiểu loại khác nhau. Có thể thấy tượng được thờ tự mang phong cách của tượng Phật Thích Ca sơ sinh, còn gọi tượng Cửu Long, tượng ngồi đất chứng giám, tượng đi bát khất thực, tượng ngồi thiền định, tượng đang thuyết pháp, tượng Tuyết Sơn, tượng niết bàn, tượng ngồi trên mình rắn Naga…
