Với chủ trương “thương người như thể thương thân”, và tinh thần “cứu khổ, an vui” của đạo Phật, trong Đại hội Phật giáo kỳ II đã chủ trương thành lập hệ thống Tuệ Tĩnh Đường, một hệ thống phòng thuốc Nam từ thiện ở các chùa, nhằm truyền thừa sự nghiệp của Tuệ Tĩnh Thiền sư “Nam dược – trị Nam nhân” (thuốc Nam chữa cho người phương Nam).
Ngày 25.8.1988 Ban Trị sự Thành hội Phật giáo Thành phố Hồ Chí Minh ra quyết định thành lập Ban điều hành hệ thống Tuệ Tĩnh Đường thành phố. Hòa thượng Thích Thiện Hào làm cố vấn, thượng tọa Thích Như Niệm làm Trưởng ban, đại đức Thích Hạnh Thu, Trưởng phòng khám bệnh từ thiện. Mục tiêu của hệ thống Tuệ Tĩnh Đường là lấy y đạo, cụ thể là sử dụng y dược cổ truyền dân tộc để chữa bệnh miễn phí cho bà con lao động nghèo, làm giảm nhẹ một phần nỗi đau khi gặp bệnh tật. Nhằm thực hiện mục tiêu trên, phải đào tạo một đội ngũ nòng cốt về thầy thuốc. Lớp lương y đầu tiên đã được chính thức khai giảng vào 9.10.1989. Trong quá trình học tập, đội ngũ học viên cũng tham gia hoạt động từ thiện xã hội. Tập thể lương y, bác sĩ của Tuệ Tĩnh Đường cũng quan tâm tới những người có công với cách mạng, như thương binh, gia đình liệt sĩ, cán bộ hưu trí… Một phòng khám bệnh miễn phí cũng được mở ra phục vụ bà con nghèo tại chùa Pháp Hoa, quận Phú Nhuận từ năm 1992. Mỗi tuần ba ngày vào thứ ba, năm, bảy khám và bốc thuốc miễn phí. Thời gian còn lại học viên học lý thuyết, tham gia bào chế thuốc, dưới sự hướng dẫn của bác sĩ, lương y. Ngoài việc châm cứu, xoa bóp, bấm huyệt, phòng khám còn bốc thuốc Nam, thuốc tễ, thuốc hoàn, dầu xoa và một số tân dược khác. Bình quân mỗi ngày, phòng khám và bốc thuốc cho 200 – 300 bệnh nhân. Trong một năm, số lượt người đến khám đã lên đến 40.000 người.
