Cái gọi là khoa học tức là dùng phương pháp suy lý, phân tích giải thích quy nạp để quan sát giải thích hiện tượng tự nhiên. Đúng về mặt lý luận mà nói, khoa học thuộc phạm vi lô-gic. Đứng về mặt thực dụng mà nói, khoa học là một tổ chức có hệ thống. Có thể diễn đạt ngôn từ một cách có lý, có lẽ, đó là khoa học lô-gic. Có thể có công dụng thực tế, đó là khoa học thực nghiệm.
Thế nhưng khoa học lý luận lô-gic không nhất định phát triển thành khoa học thực dụng. Tuy lý luận lô-gic là cơ sở khoa học thực dụng, nhưng nó phải qua thực nghiệm để chứng minh là có tác dụng, có thể thực hành được, có ích thực sự với con người. Do đó khoa học phát triển luôn luôn đổi mới thường xuyên, dùng những lý luận mới để phủ định các quan niệm cũ, dùng kinh nghiệm mới bác bỏ những thành quả cũ, xưa. Tuy nhiên khoa học cũng không phải là chân lý tối cao, tối hậu.
Hơn nữa phạm vi mà khoa học thảo luận rất là hẹp vì hạn chế trong những điều kiện đã biết hay sắp biết. Thậm chí, có những nhà vật lý có thành tựu lớn nhất vẫn cần sự khải thị của thân và Thượng đế, như là cần có nguyên lý khoa học tối cao vậy, đó là điều mà các học giả đều thấy. Mẹ của khoa học là triết học, mà mẹ của triết học là tôn giáo. Tôn giáo mớí là nguồn gốc của vũ trụ, là cái gốc lớn của nhân sinh. Dùng triết học để thảo luận về tôn giáo đã có chỗ bất cập rồi, huống hồ lại còn dùng khoa học để nghiên cứu những điều huyền bí của tôn giáo. Đúng như Lương Khải Siêu nói : “Phật giáo không phải tôn giáo, không phải triết học, không phải khoa học”. Chúng ta có thể nói Phật giáo hàm xúc tôn giáo, triết học và khoa học. Nhưng nó không phải là khoa học, triết học, tôn giáo. Nó không phản đối tôn giáo, triết học và khoa học, nhưng cái thực tế của nó vượt ngoài phạm vi của tôn giáo, triết học và khoa học.
Ngày nay có người chủ trương rằng, trong thời đại khoa học văn minh này, phải đứng từ góc độ khoa học để giới thiệu Phật giáo. Đây cũng là điều tốt. Lấy trí thức khoa học để thuyết minh lý luận Phật pháp, khiến cho người ta tin tưởng khoa học có thể tiếp thu Phật pháp. Làm được thế, có gì là không phải ? Thế nhưng, khoa học thuộc phạm vi trí thức tự nhiên. Khoa học chỉ có khả năng thuyết minh một phần của muôn vàn hiện tượng tự nhiên. Tỉ dụ quần thể vũ trụ ở ngoài hệ thái dương vẫn còn thuộc về cảnh giới không thể biết. Thậm chí, đối với 9 hành tinh lớn trong Thái dương hệ, sự hiểu biết của con người vẫn còn hạn chế.
Ngoài ra đứng trên quan điểm y học để xem xét hiện tượng thân tâm của con người thì y học Trung Quốc cho rằng, cho đến nay phạm vi của Tây y chỉ là giải phẩu xác chết vật chất mà thôi còn y học Trung Quốc cũng nghiên cứu tới khí mạch trong thân người, tức là hiện tượng của thân người sống. Còn nói về môn chữa bệnh tâm thần, ngoài việc sử dụng ma túy, thuốc an thần, cưỡng chế ở một nơi thì không còn biện pháp nào khác. Chữa bệnh tâm lý thì có thể dùng kinh nghiệm mà phân tích, suy đoán, hướng dẫn. Nhưng không có cách nào để đi vào chiều sâu tinh thần bệnh nhân được, tức là một loại hoạt động vô hình có sức mạnh ở trong vật chất, ở trên mặt đất. Nếu dùng các thuật như phù chú của quỷ thần để trị bệnh, thì đôi khi cũng có hiệu nghiệm nhưng đó không còn thuộc phạm vi của khoa học, và bị phê phán là hiện tượng mê tín.
Phật pháp cứu người, độ thế ngay từ đầu đã lấy tâm làm chủ, tâm tức là tinh thần, có thể được thuyết minh dựa vào hai danh từ phiền não trí tuệ. Phiền não mà tăng thì tinh thần hỗn loạn, trí tuệ mà tăng thì tinh thần được sáng láng. Nếu tinh thần hỗn loạn thì dù có dùng các phương pháp tôn giáo, triết học để xử lý, cũng không giải quyết được vấn đề một cách lâu dài vĩnh viễn. Nhưng nếu có được ánh sáng của trí tuệ soi chiếu, thì vấn đề gì cũng giải quyết được hết dù là thuộc phạm vi tinh thần. Chính vì vậy mà khi còn tại thế Đức Phật không giải thích gì nhiều về hiện tượng tự nhiên của thế giới vật chất. Tỉ dụ, các vấn đề thế giới hữu biên hay là vô biên, thế giới có hay không có điểm bắt đầu ? Vì Phật cho rằng những vấn đề đó không có quan hệ gì đến mục đích giải thoát khởi phiền não. Điều quan trọng là dùng phương pháp tu hành như thế nào, để giải thoát phiền não, mở mang trí tuệ. Cái mà Phật giáo gọi là trí tuệ không phải là cái tâm phân biệt, nhận thức mà cái tâm tư trí tuệ không phải là cái tâm phân biệt, nhận thức mà là tự tại không chấp trước. Mà tâm đã được tự tại rồi, thì mọi hạn chế về câu thúc, về vật chất hay tinh thần đều không còn nữa.
Đối với Phật giáo Ấn Độ ngày xưa, phạm trù tâm bao quát cả hiện tượng tự nhiên và vật chất. Do đó có câu “Vạn pháp duy thức, tam giới duy tâm”. Cái tâm phiền não gọi là thức. Cái tâm thanh tịnh gọi là trí. Phàm đối với bất cứ hiện tượng nào có chấp thủ, vướng mắc thì đều thuộc về tâm phiền não. Phật pháp không coi trọng việc tìm hiểu hiện tượng các pháp, mà coi trọng việc chuyển thức thành trí. Nếu không thì dễ bị lầm lẫn gốc và ngọn, chấp các hiện tượng như huyễn như hóa là sự thực. Thể của tâm là không hình không tướng, cũng không lìa hình tướng, còn khoa học thì chỉ xét đến hiện tượng mà hiện tượng thì thay đổi nhiều và luôn thay đổi, khoa học không thể cung cấp một chứng minh tối hậu và cứu cánh về sự thực được. Nhiều nhất, khoa học chỉ có thể cố gắng tiến lên trong tình huống nếu đau đầu thì chữa đầu, đau chân thì chữa chân mà thôi. Như Lão Tử nói: “Cái sống là hữu hạn, cái biết là vô hạn. Lấy cái hữu hạn để thỏa mãn cái vô hạn, nguy thay”. Phái đạo giáo theo chủ nghĩa tự nhiên, hiểu biết đứng đắn vật chất, còn Phật pháp cho rằng, hiểu biết về vật chất là chuyện thừa. Với cái tâm sáng, vật chất sẽ tỏ rõ. Chỉ hiểu biết tự nhiên và hòa mình vào tự nhiên không bằng bỏ được ngã chấp. Khoa học chỉ nghiên cứu và phân tích thế giới vật chất, cho nên không thể nào thuyết minh được chân lý của Đạo Phật.
Tuy nhiên, thái độ khoa học là cần thiết, nếu biết dùng nó làm phương tiện giáo hóa. Vì vậy chúng tôi nói Phật giáo bao hàm cả khoa học, nhưng không bị khoa học hạn chế
